Z kolei łańcuch CD3ζ nie posiada zewnątrzkomórkowej domeny immunoglobulinowej, zawiera natomiast cztery motywy ITAM w części cytoplazmatycznej. Wariant CD3η posiada trzy motywy ITAM. Region transbłonowy każdej z cząsteczek CD3 jest ujemnie naładowany, co w rezultacie prowadzi do tworzenia kompleksu z dodatnio naładowanymi łańcuchami TCR. W ten sposób dochodzi do tworzenia kompleksów: TCRα-CD3γ-CD3ε-CD3ζ-CD3ζ oraz TCRβ-CD3δ-CD3ε, które razem tworzą pełny kompleks TCR.
Funkcja Same łańcuchy TCR posiadają jedynie krótką sekwencję cytoplazmatyczną, która nie przekazuje sygnału. Funkcję tę spełniają właśnie łańcuchy CD3, które po związaniu antygenu przez TCR zapoczątkowują kaskadę sygnałową w limfocytach T poprzez rekrutację kinazy ZAP70 na skutek fosforylacji reszt tyrozyny w motywach ITAM.
CD3 jako cel terapeutyczny Limfocyty T są komórkami, które w znacznej mierze odpowiadają za rozwój zapalenia. Z tego względu czynniki, których działanie w założeniu miałoby hamować aktywację CD3 (a w związku z tym limfocytów T), są testowane pod kątem właściwości przeciwzapalnych w chorobach autoimmunizacyjnych i cukrzycy typu 1.