Jako egzarcha dążył do zjednoczenia w jurysdykcji egzarchatu wszystkich eparchii zamieszkiwanych przez BułgarówW rozumieniu Egzarchatu Bułgarskiego oznaczało to również Macedończyków.. Józef silnie angażował się w życie polityczne kraju, domagał się przyłączenia do Bułgarii całej Macedonii i Tracji. Jeszcze w trakcie wojny rosyjsko-tureckiej domagał się rozciągnięcia jurysdykcji Egzarchatu Bułgarskiego na te eparchie Patriarchatu Konstantynopola w Macedonii, które były zamieszkiwane przez prawosławnych Słowian opowiadających się za przynależnością do egzarchatu. W tych eparchiach, gdzie poparcie to było mniejsze, chciał natomiast przeprowadzać ponowną weryfikację panujących nastrojów. Po utworzeniu niepodległego Księstwa Bułgarskiego kierowany przez Józefa egzarchat otrzymywał regularne wsparcie finansowe dla eparchii na wskazanych terenach. Energiczne działania egzarchy i jego zabiegi czynione u władz tureckich sprawiły, że w latach 80. XIX w. działalność wznowiła większość parafii i cerkiewnych instytucji kulturalnych, które musiały ją zawiesić w czasie wojny rosyjsko-tureckiej.