..
W czasie rządów Stambołowa, prowadzącego politykę proaustriacką, metropolita Klemens nadal angażował się w politykę państwa, zdecydowanie występując przeciwko premierowi. Publicznie zaprotestował przeciwko ślubowi księcia bułgarskiego Ferdynanda z Marią Luizą Burbon, jako że oboje małżonkowie byli wyznania rzymskokatolickiego, a także w tej wierze zamierzali wychować dzieci. W związku z tym premier Stefan Stambołow zamierzał doprowadzić do zmiany artykułu bułgarskiej konstytucji, który nakazywał następcy tronu Bułgarii przynależność do Bułgarskiego Kościoła Prawosławnego. W ramach represji, jakim poddana została prorosyjska opozycjaWasilewski T.: Historia Bułgarii. Warszawa: Zakład Narodowy im. Ossolińskich, 1988, ss. 201–202. ., w 1893 został oskarżony o zdradę stanu na podstawie treści wygłoszonego kazania (w którym głosił, iż bez prawosławia naród bułgarski nie istnieje), a następnie zmuszony do zamieszkania w monasterze w Laskowcu. W przeprowadzonym w Tyrnowie procesie, którego wynik był z góry przesądzony, został skazany na dożywotnie więzienie. W drugiej instancji wyrok został złagodzony do dwóch lat pozbawienia wolności. Ostatecznie metropolita Klemens został zmuszony do zamieszkania w Monasterze GłożeńskimI. Dimitrov, Bulgarian Christianity, [w:] red. K. Parry, The Blackwell Companion to Eastern Christianity.