Po II wojnie światowej, w czasie której stosunki między państwem radzieckim i Rosyjskim Kościołem Prawosławnym znacznie się poprawiły, patriarcha moskiewski i całej Rusi Aleksy zaakceptował prośbę locum tenens eparchii odeskiej, biskupa Sergiusza, o otwarcie kursów teologicznych w Odessie. Ich siedzibą stały się budynki dawnego monasteru św. Pantelejmona. W 1961 szkoła musiała przenieść się do monasteru Zaśnięcia Matki Bożej, a patriarcha Aleksy tylko po osobistych staraniach zdołał uratować ją przed zamknięciem. mały|Widok na monaster św. Pantelejmona w Odessie, gdzie seminarium mieściło się w pierwszych latach po restytucji Do 1990 seminarium prowadziło nauczanie tylko w trybie stacjonarnym, w wymienionym roku otwarto studia zaoczne.
Związani z seminarium Rektorzy Porfiriusz (Uspienski), 1838–1840 Atanazy (Drozdow), 1840 Nikodem (Kazancew), 1841–1845 Izrael (Łukin), 1845–1848 Parteniusz (Popow), 1848–1852 Serafin (Arietinski), 1852–1858 Teofilakt (Prawiednikow), 1858–1869 Michaił Pawłowski, 1868 Martirij Czemiena, 1868–1900 Wasilij Fłorowski, 1900–1902 Anatol (Kamienski), 1903–1906 Konstantin Brieczkiewicz, 1906–? Wiktor Czemena, 1945 Innocenty (Sokal), 1956–1957 Nikołaj Koncewicz, 1957–1959 Sergiusz (Pietrow), 1959 Leoncjusz (Gudimow), 1961–1962 Antoni (Warżanski), 1962–1963 Teodozjusz (Dikun), 1966