Należy różnicować ze szkliwiakiem, torbiel może być punktem wyjścia raka lub guza śluzowo-naskórkowego.
Torbiel zębopochodna wapniejąca (cystis odontogenes calcificans) — jest zmianą łagodną, lecz istnieją rozbieżności czy jest to torbiel czy guz nowotworowy. Według WHO jest to torbiel. W 1/3 przypadków występuje poza kością w uzębionej części szczęki lub żuchwy, w 2/3 przypadkach wewnątrzkostnie. Jest to zmiana jedno- lub wielokomorowa z masami rogowymi wewnątrz jamy oraz komórkami podobnymi do ameloblastów, które wapnieją, dając na zdjęciu rtg obraz przejaśnienia z plamistymi cieniami.
Niezębopochodne Torbiel przewodu nosowo-podniebiennego, torbiel kanału przysiecznego (cystis ductus nasopalatini, cystis canalis incisivi) — powstaje z resztek nabłonka wyścielającego kanał nosowo- podniebienny, który w życiu płodowym tworzy połączenie pomiędzy jamą ustną a jamą nosową, a po urodzeniu zanika. Torbiel niszczy kość wyrostków podniebiennych. Powstaje pomiędzy siekaczami, powiększa się powoli i daje objawy po osiągnięciu pewnych rozmiarów albo po zakażeniu. Jeśli mieści się w obrębie podniebienia — wysłana jest nabłonkiem wielowarstwowym płaskim, a w obrębie kanału przysiecznego — nabłonkiem wielorzędowym walcowatym urzęsionym.