Pod względem znaczeniowym wyróżnia się trzy główne grupy hydronimów: hydronim odnosi się do cech charakterystycznych nazywanego obiektu (np. cechy naturalne obiektu) – np. Pokrzywnica, Białka, hydronim odnosi się do osoby będącej w posiadaniu obiektu (nazwa dzierżawcza) – np. Babia Struga, Piotrowa Woda, hydronim odnosi się do innych cech: geograficznych, elementów pobliskiej przyrody itp. – np. najczęściej przymiotniki od nazw miejscowości: Jezioro Szczytnowskie, zdarzają się również przeniesienia nazw miejscowych na nazwę wody: Oława (potocznie Oławka).
W publikacji Nazwy geograficzne Rzeczypospolitej Polskiej (1991) zawarto ok. 28 tys. toponimów, z czego blisko 3,5 tys. stanowią hydronimy. W cyklu Nazewnictwo Geograficzne Polski (2006) zawarto już ok. 16 tys. standaryzowanych hydronimów (w celu odpowiedniej klasyfikacji zastosowano również dwie kategorie: 1. Wody płynące, źródła, wodospady i 2. Wody stojące), które zostały zweryfikowane przez Komisję Nazw Miejscowości i Obiektów Fizjograficznych. Ponadto Hydronimia Wisły pod red. P.