Od zagłady ratuje ich jednak Scotty, który trafiając na statek admirała przed startem do „Enterprise” odcina zasilanie. Dołącza też do niego kapitan Kirk z Khanem, którzy przejmują mostek. Ponieważ nie ufa Khanowi usiłuje go obezwładnić, ale ten wymyka się spod kontroli, zabija admirała Marcusa i sam przejmuje kontrolę nad „Vengeance”.
W zamian za uwolnienie kapitana i jego ludzi, domaga się od Spocka przekazania mu torped z jego załogą. Spock przystaje na te warunki, ale wysyła mu torpedy bez ludzi, a uzbrojone w materiał wybuchowy, które po detonacji obezwładniają USS „Vengeance”. W międzyczasie oba statki zaczynają zniżać się do Ziemi. Żeby pomóc załodze „Enterprise” odzyskać kontrolę nad okrętem kapitan Kirk naprawia jego rdzeń, ale zostaje śmiertelnie napromieniowany i umiera. Z kolei Khan rozbija „Vengeance” w San Francisco i ucieka. W pościg rusza za nim Spock. Tymczasem badania dr McCoya wykazują, że krew Khana posiada regeneracyjne właściwości, które mogą uratować Kirka. Wysyła więc Uhurę, by poinformowała o tym Spocka. Ostatecznie Khan zostaje ponownie schwytany i umieszczony w kriogenicznej kapsule.
Rok później przywrócony do życia kapitan Kirk, wyrusza odnowionym statkiem „Enterprise” w pięcioletnią misję badawczą.