Wraz z wdrażaniem Ramowej dyrektywy wodnej popularność tej miary stanu ekologicznego wód zmalała na rzecz wskaźników fitoplanktonowych różnego rodzaju, gdyż akt ten wymaga nie tylko określenia obfitości fitoplanktonu, lecz również jego składu taksonomicznego. Mimo to, w przypadku wód morskich, w tym przybrzeżnych i przejściowych będących w obszarze obowiązywania RDW, stężenie chlorofilu a po kilkunastu latach interkalibracji metod oceny stanu ekologicznego okazało się jedyną metodą możliwą do powszechnego stosowania i dającą porównywalne wyniki w różnych regionach. Wynika to między innymi z dużej zmienności struktury fitoplanktonu, zależnej od różnych czynników, nie tylko eutrofizacji, co do której to biomasa jest najbardziej powtarzalnym i rzetelnym wskaźnikiem, niezależnym od sezonowej zmienności fitoplanktonu. Również w pierwszej fazie interkalibracji metod oceny stanu ekologicznego europejskich jezior stężenie chlorofilu a było brane jako jeden ze wskaźników. Granica między dobrym a umiarkowanym stanem ekologicznym została wówczas wyznaczona na poziomie od 2,7 mg/m³ w dużych, głębokich, zasadowych jeziorach nizinnych lub wyżynnych strefy alpejskiej do 10,8 mg/m³ w nizinnych płytkich jeziorach o dużej zawartości wapnia strefy centralno-bałtyckiej (obejmującej m.in. polskie jeziora polimiktyczne).