Po rozpadzie unii z Aragonią panowanie w Nawarze objęła dynastia d’Albert. Za sprawą jej koligacji z Burbonami doszło w 1589 r. do unii personalnej z Francją, a w 1620 roku przyłączeniem państwa do Francji. Równocześnie większa, południowa, część Nawarry została w 1512 r. podbita przez króla Kastylii i Aragonii Ferdynanda Katolickiego, który przyłączył Nawarrę do Kastylii na zasadzie szerokiej autonomii.
Wiek XIX Panowanie hiszpańskie wiązało się z presją na ograniczenie użycia języka baskijskiego oraz promowaniem urzędników pochodzenia hiszpańskiego. Wiek XIX był dla tych terenów okresem diametralnych zmian gospodarczych i społecznych. W roku 1765, w odpowiedzi na nasilającą się dyskryminację ze strony Kastylijczyków, którzy zaczęli zajmować wysokie stanowiska w ich kraju, Baskowie powołali Towarzystwo Przyjaciół Kraju Basków. Jego celem było legalne przeciwdziałanie nowym, antyautonomicznym tendencjom w polityce Hiszpanii i ochrona narodowych tradycji. Cztery lata później, w wyniku reformy administracyjnej, likwidacji uległa autonomia francuskiej części Gaskonii, którą zresztą ograniczono już w okresie rewolucji francuskiej.