W 1391 roku król Władysław Jagiełło Miastko i okoliczne ziemie nadaje biskupom krakowskim i włącza do klucza muszyńskiego, który istnieje do I rozbioru Polski.
Po roku 1856 nastąpił gwałtowny rozwój Krynicy dzięki tutejszym zdrojom i działalności prof. Józefa Dietla. W roku 1889 Krynica uzyskała prawa miejskie. Tylicz stracił je w roku 1935.
1 sierpnia 1934 roku w powiecie nowosądeckim w woj. krakowskim utworzono wiejską gminę zbiorową Krynica-Wieś z obszaru dotychczasowej jednostkowej gminy wiejskiej Krynica-Wieś. Po wojnie gmina zachowała przynależność administracyjną. Gmina Krynica została zniesiona 1 stycznia 1950 roku, a jej obszar włączony do miasta Krynica.
Współczesna wiejska gmina Krynica (nie obejmująca Krynicy) powstała 15 stycznia 1976 w związku z przemianowaniem gminy Tylicz na Krynica i przeniesieniem siedziby jednostki do Krynicy.
1 stycznia 1992 miasto i gminę Krynica połączono we wspólną miejsko-wiejską gminę Krynica.
W latach 1976–1998 gmina położona była w województwie nowosądeckim.