Ponadto w sezonach 2006/2007, 2007/2008 i 2008/2009 był statystykiem ekstraklasowej MKS Muszynianki Fakro Muszyna. Później został trenerem II-ligowej Sparty Warszawa, jednak niedługo później stołeczny klub wykupił miejsce w I lidze od Budowlanych Toruń i ostatecznie Wojtowicz prowadził zespół w wyższej klasie oraz w rozgrywkach juniorek. Tuż po sezonie, zakończonym utrzymaniem w I lidze oraz srebrnym medalem mistrzostw Polski juniorek, rozwiązał kontrakt ze Spartą. Został trenerem w Szkole Mistrzostwa Sportowego PZPS w Sosnowcu oraz II trenerem, u boku Grzegorza Kosatki w reprezentacji Polski juniorek, która w lipcu zajęła 9. miejsce w mistrzostwach świata. W następnym miesiącu pełnił tę samą funkcję w reprezentacji narodowej kadetek (4. na mistrzostwach świata). Od stycznia 2011 roku I trener AGH Galeco Wisły Kraków. Po pół roku pracy zespół wywalczył awans do I ligi z trzeciego miejsca po rundzie zasadniczej. W sezonie 2012/2013 jako beniaminek zajął 6. miejsce w I lidze.