1941–1944 Rejon leski w ZSRR przestał istnieć wraz z wybuchem wojny niemiecko-radzieckiej 22 czerwca 1941. Na mocy dekretu Adolfa Hitlera z 1 sierpnia 1941 prawobrzeżny obszar dawnej gminy Lesko wraz z miastem Leskiem wszedł w skład Generalnego Gubernatorstwa. Jednak nie zdecydowano się na odtworzenie gminy Lesko, a jej wszystkie dawne gromady (łącznie z lewobrzeżnymi, znajdującymi się przejściowo w gminach Łukowe i Sanok w GG) włączono do miasta Leska. 15 listopada 1941 tak rozszerzone Lesko włączono do powiatu sanockiego w dystrykcie krakowskimDekret o zmianie granic Starostw Powiatowych i Związków Gmin w Okręgu Krakau, z dnia 3 listopada 1941 r. (Dziennik Rozporządzeń dla Generalnego Gubernatorstwa z dnia 30 listopada 1941 r., Krakau, Nr. 111, str. 659). Liczba mieszkańców Wielkiego Leska w 1943 roku wynosiła 6199Amtliches Gemeinde- und Dorfverzeichnis fuer das GG.
Latem 1944, po zajęciu terenów na wschód od Sanu przez Armię Czerwoną, podział obszaru Wielkiego Leska (t.zn. przedwojennej gminy Lesko) na Sanie zamanifestował się identycznie co w latach 1940–41. Prawie cały jego obszar włączono do reaktywowanego rejonu leskiego w obwodzie drohobyckim w ZSRR.