Lista prefektów Kongregacji W początkowym okresie funkcję prefekta kongregacji sprawował z reguły najwyższy rangą kardynał będący jej członkiem, chyba że w sposób wyraźny wyznaczono innego kardynała, zaś w przypadku absencji prefekta, funkcję tę przejmował automatycznie kardynał najwyższy rangą spośród obecnychWeber, s. 198-199, 241; por. Moroni, vol. XVI, s. 138.. Od zasady tej zaczęto odchodzić w drugiej połowie XVII wiekuMoroni, vol. XVI, s. 138; por. Weber, s. 273..
Ottavio Bandini (1626–1629) Giovanni Garzia Millini (1629) Berlinghiero Gessi (1629–1639) Giovanni Battista Pamphili (1639–1644) Marzio Ginetti (1644–1671) Angelo Celsi (1671) Federico Borromeo (1671-1673) Gaspare Carpegna (1673–1714) Vacat Sebastiano Antonio Tanara (1718–1724) Francesco del Giudice (1724–1725) Fabrizio Paolucci (1725–1726) Giorgio Spinola (1726–1739) Giacomo Lanfredini (1739–1741) Giovanni Battista Spinola (1741–1752) Raniero d’Elci (1752–1761) Gaetano Fantuzzi (1761–1778) Gennaro Antonio de Simone (1779–1780) Vitaliano Borromeo (1781–1793) Luigi Valenti Gonzaga (1793–1808) Bartolomeo Pacca (1809–1818) Emmanuele de Gregorio (1818–1820) Annibale della Genga (1820–1823) Vacat Carlo Maria Pedicini (1826–1830) Giacomo Filippo Fransoni (1830–1834) Benedetto Barberini (1834–1863) Fabio Maria Asquini (1863–1872) Filippo