W latach 1989–2005 zajmował stanowisko sekretarza w Najwyższej Radzie Bezpieczeństwa Narodowego. Dodatkowo w 1989 r. został w niej przedstawicielem Najwyższego Przywódcy. W latach 1989–1997 oraz 2000–2005 pełnił funkcję doradcy ds. bezpieczeństwa narodowego prezydenta Iranu. W 2000 r. wszedł w skład Zgromadzenia Ekspertów. W 1992 r. został przewodniczącym Centrum Studiów Strategicznych. W latach 2003–2005 był przewodniczącym zespołu irańskich negocjatorów w rozmowach dotyczących irańskiego programu nuklearnego. Odszedł ze stanowiska wskutek konfliktu z prezydentem Mahmudem Ahmadineżadem.
W czasie protestów w Iranie po wyborach prezydenckich w 2009 r. skrytykował władze za odmawianie społeczeństwu prawa do pokojowych demonstracji. W kolejnych wyborach prezydenckich 14 czerwca 2013 był jednym z sześciu kandydatów na tenże urząd. W czasie kampanii wyborczej przedstawiał się jako polityk o umiarkowanych poglądach i zwolennik reform. Zobowiązywał się do uwolnienia więźniów politycznych i poszanowania swobód obywatelskich, rozszerzenia zakresu praw kobiet i wolności słowa. Uzyskał poparcie od dwóch byłych prezydentów, Alego Akbara Haszemiego Rafsandżaniego, który przez wiele lat patronował jego karierze politycznej, oraz Mohammada Chatamiego.