Kościelnych Immunitetów (1629–1671, od 1644 jako prefekt) Kongregacji Świętego Oficjum Inkwizycji (1629–1671) Kongregacji ds. Indeksu (1631–1671, od 1661 jako prefekt) Kongregacji ds. Biskupów i Zakonników (1633–1671, jako prefekt) Kongregacji ds. Rezydencji Biskupów (1635–1671, po 1646 jako prefekt) Kongregacji Konsystorialnej (1644–1671) Kongregacji ds. Egzaminowania Biskupów (1644–1671) Kongregacji Rozkrzewiania Wiary (1644–1671) Kongregacji ds. Obrzędów (1644–1671, od 1663 jako prefekt) Kongregacji ds. Wizytacji Apostolskich (1629–1671) Trybunale Apostolskiej Sygnatury Łaski (1657–1671) Kongregacji ds. Stanu Zakonnego (1661–1671) Kongregacji ds. Reformy Statutów Kleru Rzymskiego (1667–1671, jako prefekt) Kongregacji ds. Odpustów i Świętych Relikwii (1667–1671, jako prefekt).
W chwili śmierci Ginetti był zatem prefektem aż siedmiu stałych kongregacji kardynalskich. Oprócz tego, zasiadał on w licznych tzw. kongregacjach partykularnych, tworzonych ad hoc dla rozwiązania konkretnej sprawy.
Marzio Ginetti był także kardynałem-protektorem zakonów karmelitów, bonifratrów, trynitarzy i pijarów, cysterskiej Kongregacji św. Bernarda w Ss. Vincenzo e Anastasio oraz arcyszpitala S. Spirito in Sassia.