W marcu 1794 roku ambasador rosyjski w Polsce Osip Igelström wydał nakaz aresztowania osób podejrzewanych o udział w insurekcji warszawskiej, w tym szambelana Jana Węgierskiego, Stanisława Kostkę Potockiego i Ignacego Działyńskiego. Węgierski został osadzony w lochach warszawskiego pałacu Igelströma. Niebawem został jednak uwolniony. W czerwcu 1794 r. Rada Naczelna Narodowa wyznacza Węgierskiego do Komisji Porządkowej Ziemi Bielskiej.
Po śmierci Jana Klemensa Branickiego związany był z dworem Izabeli z Poniatowskich Branickiej. Otrzymał od niej plenipotencję na mocy której 7 lipca 1796 roku złożył w jej imieniu homagium (przysięgę hołdowniczą) wobec króla pruskiego Fryderyka Wilhelma II, opracowała Teresa Zielińska, Warszawa 1969; Imago Poloniae. Dawna Rzeczpospolita na mapach, dokumentach i starodrukach w zbiorach Tomasza Niewodniczańskiego, tom I, s. 126. Wkrótce potem Jan Walenty Węgierski zmarł. Miejsce jego spoczynku nie jest znane. Ze związku z nieznaną z imienia Karwowską miał jedynego syna Leona (ur. 1783).