Po ewakuacji członków zarządu do Noworosyjska, a następnie Sewastopola, wywołanej klęskami białych, arcybiskup Mitrofan i Arseniusz, którzy pozostali w kierowanych eparchiach, również zrezygnowali z udziału.
Rozpad pierwszego składu zarządu sprawił, że w kwietniu 1920 nowy głównodowodzący Sił Zbrojnych Południa Rosji gen. Piotr Wrangel nakazał arcybiskupowi taurydzkiemu Dymitrowi reorganizację struktury. We wrześniu tego roku przewodniczącym zarządu został ponownie metropolita Antoni. Do jego składu dokooptowano także arcybiskupa połtawskiego i perejasławskiego Teofana oraz biskupa sewastopolskiego Beniamina, jak również księży S. Bułgakowa i Sałowa.
Oficjalnym organem prasowym zarządu były Cerkownyje wiedomosti – opublikowanych zostało 9 numerów. Tymczasowy wyższy zarząd cerkiewny na południowym wschodzie Rosji podejmował także doraźne decyzje w kwestiach związanych z funkcjonowaniem parafii (które starano się reformować w zgodzie z postanowieniami soboru lokalnego z lat 1917–1918, m.in. tworząc przy nich spółdzielnie pracy), treścią kazań, działalnością szkół cerkiewnych, angażował się w działalność propagandową Białych (jego członkowie współtworzyli propagandowe publikacje Armii Ochotniczej), organizował antysocjalistyczne spotkania, apelował o pomoc zagraniczną.