Geneza Właściwe formowanie wąwozu Homole zostało zapoczątkowane w neogenie. Nastąpiło wówczas obniżenie lokalnej bazy erozyjnej, w wyniku czego blok Homoli (w obrębie którego wąwóz jest położony) podlegał intensywnej erozji rzecznej. Przyjęto, iż blok uległ wydźwignięciu wzdłuż osi poprzecznej do pienińskiego pasa skałkowego, co spowodowało powstanie systemu rozłamowego wąwozu oraz uaktywniło uskoki grawitacyjne. W wyniku tego, na skutek erozji rzecznej, doszło do wypreparowania w podłożu skalnym głębokiego wąwozu. Wąwóz Homole został wyżłobiony przez płynący obecnie jego dnem niewielki potok Homole. Proces pogłębiania wąwozu prawdopodobnie trwa do dziś, gdyż blok Homoli w dalszym ciągu ulega powolnemu wznoszeniu.
Historia Od dawna (już w XV wieku) był on penetrowany przez poszukiwaczy skarbów. Istnieje wiele legend związanych ze skarbami ukrytymi w nim, są również dokumenty historyczne. Jego nazwa znajduje się np. w testamencie Piotra Wydźgi, znanego w swoich czasach poszukiwacza skarbów. Dokument z roku 1529, tzw. „Castrum Homola”, wspomina o opustoszałym zamku zwanym Homola. Jak wskazują badania archeologiczne przeprowadzone w 1988 r., niegdyś w wąwozie Homole istniała warownia broniona przez skały oraz sztucznie wykonany przekop z wodą. Znaleziono m.in. XVI-wieczne cegły i fragmenty ceramiki. W 1547 r.