W 1819 roku w kościele wybuchł kolejny niszczycielski pożar.
W latach 1840–1859 z inicjatywy inspektora zabytków Prospera Mériméego dokonano odbudowy kościoła, nadzorowanej przez Eugène'a Viollet-le-Duca. W latach 1870 i 1876 kościołowi w Vézelay przekazano nowe relikwie Marii Magdaleny. W 1920 roku budowla została uhonorowana mianem bazyliki. Po II wojnie światowej do bazyliki powrócili benedyktyni. W 1953 roku ich miejsce zajęli franciszkanie, pozostający w klasztorze do 1993 roku. Obecnie bazylika zamieszkana jest przez mnichów należących do Monastycznych Wspólnot Jerozolimskich.
W 1979 roku opactwo zostało wpisane wraz ze wzgórzem, na którym się znajduje, na listę światowego dziedzictwa UNESCO.
Opis Budowla reprezentuje dwa style architektoniczne. Część zachodnia (narteks i nawa) wzniesiona została w stylu romańskim, natomiast wschodnia (transept i prezbiterium) w gotyckim. Ważną rolę w bazylice odgrywa światło słoneczne – przemieszczając w głąb budowli, obserwator przechodzi z nartreksu, w którym panuje półmrok, przez łagodnie oświetloną nawę do rozświetlonego prezbiterium.