Dzięki tym pracom kolej transandyjska wspięła się na wysokość 4817,8 m n.p.m., osiągając w miejscowości zwanej La Cima najwyższy punkt kolejowy świata (do roku 2005, gdy wyżej położony odcinek linii kolejowej powstał w Tybecie). W tym czasie Ernest Malinowski nie pobierał wynagrodzenia. Pierwszy odcinek linii kolejowej na odcinku Callao – Chicla, 141 km, oddano do użytku w maju 1878.
W trakcie wojny pomiędzy Peru a Chile trwającej w latach 1879–1881 Ernest Malinowski na przełomie 1879/1880 opuścił Peru i przybył do sąsiedniego Ekwadoru. Pracował przy budowie linii kolejowej Guayaquil – Quito, gdzie nadzorował prace na odcinku „Chimbo” i „Sibambe”, które wiodły wśród wysokich szczytów gór Kordyliery Zachodniej.
Będąc w Ekwadorze publikował w miejscowej i zagranicznej (nowojorski „Herald”) prasie artykuły o wojnie w Peru. Ściągał do Ekwadoru peruwiańskich współpracowników i pomagał peruwiańskim emigrantom w znalezieniu pracy.