5 lutego 1818. Na podstawie akt osobowych Malinowskiego przechowywanych we Francji za datę przyjścia na świat należy przyjąć 5 stycznia 1818. Rużyczna na Podolu, która należała do Malinowskich przed powstaniem listopadowym, później została skonfiskowana przez ukazy cara i rządy namiestnika Rosji Carskiej. Ernest ochrzczony został w kaplicy dworu w Sewerynach na Wołyniu jako Adam Stanisław Hipolit Ernest Nepomucen. Miał starszą siostrę Leontynę (zm. przed 1831), brata Rudolfa oraz młodszego Zygmunta.
W latach 1827–1831 uczęszczał do Liceum Krzemienieckiego.
Wokół zakresu uczestnictwa Ernesta Malinowskiego w powstaniu listopadowym narosło wiele kontrowersji. Najczęściej eksponuje się jego udział w nim jako żołnierza pułku Czwartaków, chociaż nie ma na to żadnych źródeł. W świetle najnowszych badań do marca 1831 uczył się w czwartej klasie nauczania początkowego Liceum Krzemienieckiego. Od tego czasu Ernest pozostawał przy matce i wraz z młodszym bratem oraz matką uciekł do Galicji, gdzie zastał go upadek powstania. Trzynastoletni Ernest nie brał udziału w walkach na terenie Królestwa Polskiego, natomiast jego brat Rudolf zaciągnął się w szeregi wojska polskiego. Ojciec Jakub czynił przygotowania do powstania na Podolu, a następnie został posłem sejmu powstańczego.