Aleksandra Newskiego przed zamknięciem i zniszczeniem.
Na fali czerwonego terroru latem 1918 został aresztowany przez Czeka razem z trzema starszymi synami. Ich uwięzienie spotkało się z protestami wiernych, którzy bezskutecznie domagali się ich zwolnienia. Prośbę o zwolnienie ks. Ornatskiego poparł, również bez rezultatu, Anatolij Łunaczarski. Ornatscy byli początkowo przetrzymywani w więzieniu w Kronsztadzie, a następnie rozstrzelani, najprawdopodobniej nad brzegiem Zatoki Fińskiej w drugiej połowie sierpnia 1918 (dokładna data nie została ustalona), razem z 30 innymi więźniami-oficerami carskiej armii.
Kanonizowany w 2000 jako jeden z Soboru Świętych Nowomęczenników i Wyznawców Rosyjskich.
Rodzina Jego młodszy brat Joann również został kapłanem prawosławnym i uzyskał godność protoprezbitera. Ks. Ornatski zaaranżował jego małżeństwo z siostrzenicą jego przyjaciela, ks. Iwana Siergijewa (Jana Kronsztadzkiego) – Anną. Kuzyn, Piotr Biełolikow, pod imieniem mniszym Pimen został biskupem wierneńskim Орнатский Философ Николаевич.