W tym celu używa swojego ścigacza, by przedostać się Rurociągiem do miasta, lecz kiedy dochodzi do konfrontacji dwóch graczy, tajemniczy czerwony smok się pojawia, w wyniku czego walka nie zostaje rozstrzygnięta. Yusei zostaje aresztowany przez Sektor Ochrony za przedostanie się do Miasta Domino bez zezwolenia i ląduje w Placówce, gdzie poznaje dawnego pro-gracza, Tannera oraz starego człowieka Yanagi, który ujawnia Yusei'owi historię o „Szkarłatnym Smoku” i o „Signerach”. W końcu toczy pojedynek z szefem Placówki i wygrywa, tym samym uwalniając wszystkich więźniów. Podczas próby odzyskania swojego Ścigacza dowiaduje się o bolącej przeszłości Blistera i dzięki walce z Trudge'm pomaga mu naprawić więź z przyjaciółmi. Yusei wygrywa pojedynek, lecz potem traci przytomność, i zostaje zabrany przez Leo i Lunę do ich mieszkania (W angielskiej wersji w wyniku wypadku Yusei ma amnezję, a Leo decyduje się walczyć z nim, by przywrócić mu pamięć). Odcinki 14–26 Yusei dowiaduje się od Lazara, asystenta Dyrektora Goodwina, że musi wziąć udział w turnieju Pucharu Fortuny, jeśli chce znów zobaczyć swoich przyjaciół.