Kontrolę nad świątynią objęli wówczas duchowni związani z Żywą Cerkwią – nowym proboszczem został należący do niej ks. Nikołaj Rusanow. Cerkiew na krótko wróciła do pierwotnej jurysdykcji po zwolnieniu z aresztu domowego patriarchy Tichona w czerwcu 1923, jednak we wrześniu znów znalazła się pod kontrolą duchownych „odnowicielskich”. W marcu roku następnego świątynia ponownie przeszła do Patriarchatu Moskiewskiego, a jej proboszczem został ks. Nikołaj Czukow, późniejszy metropolita leningradzki i ładoski Grzegorz. Przeprowadził on częściową odnowę świątyni, która została ponownie poświęcona.
W okresie zarządzania soborem przez duchowieństwo Żywej Cerkwi świątynia straciła część cennego wyposażenia. W kolejnych latach doszło do konfiskat i kradzieży utensyliów cerkiewnych. Równocześnie do obiektu napływały ikony i inne przedmioty z zamykanych przez władze świątyń w mieście. W 1933 leningradzki obwodowy komitet wykonawczy zabronił używania dzwonów cerkiewnych, w roku następnym dzwony z soboru św. Mikołaja i Objawienia Pańskiego zostały skonfiskowane. W 1941 sobór był jedną z ośmiu czynnych w Leningradzie cerkwi uznających jurysdykcję Patriarchatu Moskiewskiego. Służyło w nim pięciu duchownych (1/4 wszystkich prawosławnych kapłanów w mieście).