Historia ta jest kontynuowana w części trzeciej.

Rozgrywka Gra polega na pokonaniu 8 etapów, pod koniec których gracz mierzy się z określonym Robot Masterem, a następnie na przejściu zamku Wily’ego, by zmierzyć się ze złym doktorem. Po pokonaniu każdego Mistrza Robotów gracz otrzymuje broń, a w określonych momentach – ulepszenie od doktora Lighta. W każdym etapie gracz mierzy się także z różnymi przeciwnikami. Niekiedy przeciwnik po śmierci zostawia apteczkę, energię czy dodatkowe życie.

Względem pierwszej części serii wprowadzono zmiany w rozgrywce. Dodany został system zapisu gry przy użyciu haseł. Usunięto system punktacji. Na poziomach gry pojawiły się zbiorniki zwane E-Tankami, które przywracają graczowi wszystkie punkty zdrowia. Wprowadzono też dwa poziomy trudności: Normal i Difficult, różniące się liczbą punktów zdrowia u bossów, a także zachowaniami niektórych przeciwników po trafieniu.