Zamieszki zostały jednak stłumione, a kolegiata mogła dalej rozbudowywać swoje przywileje z pomocą cesarza Karola IV. thumb|Widok Bazyliki i Muzeum Kościelnego W czasie reformacji arcybiskup Albrecht Hohenzollern przeniósł swoją rezydencję z Halle (Saale) do Aschaffenburga, ponieważ kolegiata była częściowo jego własnością. Wraz z rozwiązaniem Elektoratu Moguncji (1801), także kolegiata aschaffenburska rok później została rozwiązana decyzją ostatniego arcybiskupa oraz wielkiego księcia frankfurckiego Karola von Dalberga. Wtedy to kościół kolegialny stał się miejskim kościołem parafialnym, a cały jego majątek przekazany został na rzecz Uniwersytetu w Moguncji. Podczas Kongresu Wiedeńskiego (1814 rok) majątek Ogólnego Funduszu Szkolnego Aschaffenburga przeszedł na własność państwa Bawarii. Od 1861 roku w domu kapitularnym znajduje się Muzeum Kościelne Miasta Aschaffenburg. W 1952 roku obiekt ponownie przekazany został w ręce miejscowego probostwa. Papież Pius XII w 1958 roku podniósł ów kościół do rangi papieskiej bazyliki mniejszej.