Rola Kościoła w przemocy ustaszy thumb|Biskup Alojzy Stepinac Natychmiast po dojściu do władzy ustasze rozpoczęli brutalną kampanię mającą wyeliminować te osoby, które uznali za niepożądany element, zwłaszcza ludność serbską, która uznawana była przez nich za zagrożenie dla nowego państwa. Zdarzały się przypadki, gdy duchowni katolicy uczestniczyli bezpośrednio lub pośrednio w kampanii przemocy ustaszy. Spotkało się to jednak ze stanowczą reakcją Stolicy Apostolskiej i Kościoła Chorwackiego, kuria generalna zakonu franciszkanów wezwała swoich członków do wycofania się z akcji ustaszów, a najbardziej winnych wyrzuciła z zakonu. Sekretariat Stanu Stolicy Apostolskiej wystosował ostre memorandum do władz chorwackich potępiające udział duchownych w zbrodniach. Najbardziej znanym przykładem duchownego uczestniczącego w zbrodniach ustaszów jest franciszkanin Miroslav Filipović-Majstorović znany jako „diabeł z Jasenovac”, za co został wydalony z zakonu.