Po początkowym entuzjazmie hierarchii katolickiej – na czele z biskupem Zagrzebia Alojzym Stepinacem – która z radościąKrišto (2007), s. 26.Biondich (2005), s. 81. przyjęła fakt powstania „niezależnej” Chorwacji, stopniowo, po kolejnych ekscesach ustaszy, przyszedł czas ochłodzenia stosunków na linii reżim-KościółBiondich (2005), s. 80.. Część znanych duchownych chorwackich poparła Ante PaveliciaKolsto (2011), s. 39., a nawet wzięła udział w zbrodniach przeciwko ludzkości, w tym zbrodniach na cywilach. Część księży była krytyczna wobec rządów ustaszy i wstawiała się prywatnie za prześladowanymi Serbami i Żydami.
Tło zdarzeń Utworzenie ponadnarodowej Jugosławii zostało pozytywnie przyjęte przez Kościół katolicki Chorwacji i Słowenii. Pomimo sprzeciwu części Kościoła, która wolała kontynuację Austro-Węgier, większość hierarchów poparła wizję zjednoczenia południowych Słowian. Mimo początkowego wsparcia, poparcie kleru zaczęło stopniowo topnieć. Według Kościoła katolickiego przez nowe rządy kler utracił dawne przywileje, a nowa władza jest wroga „obcym” (innym niż „narodowy” Kościół prawosławny) instytucjom religijnymBiondich (2006), s. 434.Kolsto (2011), s. 41..