Postanowieniem prezydenta Bolesława Bieruta z 22 lipca 1949 Andrzej Jus został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski „za wybitne zasługi w dziedzinie służby zdrowia”..
Pod koniec 1949 został mianowany wicedyrektorem ds. naukowych i kierownikiem oddziału psychiatrycznego w nowo utworzonym Instytutu Psychoneurologicznego w Pruszkowie. Tam wraz z żoną zorganizował laboratorium badawcze i naukowe skupione na elektroencefalografii, neurofizjologii klinicznej i badaniu snu.
6 lipca 1951 habilitował się na Wydziale Lekarskim Akademii Medycznej w Warszawie („Badania elektroencefalograficzne w schizofrenii”) i został docentem psychiatrii tej uczelni. Po przeniesieniu do Akademii Medycznej w Łodzi w Łodzi od 1 kwietnia 1953 został współprzewodniczącym Katedry Psychiatrii, a 12 listopada 1954 profesorem nadzwyczajnym. Pod koniec 1954 został profesorem psychiatrii na Uniwersytecie w Łodzi.
W 1955 Jusowie zostali przywróceni do pracy w Warszawie, gdzie Andrzej (od 1 września 1955) został dyrektorem naukowym w Instytucie Psychoneurologicznym w Katedrze Psychiatrii w Akademii Medycznej. Ponadto, od stycznia 1956 był kierownikiem Zakładu Psychiatrii w Instytucie Doskonalenia Kadr Lekarskich.