W 1386 Stefan udał się do Nowogrodu, aby prosić o powstrzymanie się od najazdów na ziemie zamieszkiwane przez Zyrian. W czasie klęski głodu na ziemi permskiej rozdawał prywatne zapasy i zasoby głodującym, organizował dla nich transporty żywności. W 1391 Stefan mógł brać udział w soborze biskupów ruskich pod przewodnictwem metropolity Cypriana, w czasie którego z urzędu biskupa twerskiego usunięty został Eutymiusz, zaś chirotonię biskupią przyjął jego następca Arseniusz. W 1396 po raz drugi udał się do Moskwy, jednak na krótko po przybyciu do miasta zachorował i zmarł. Został pochowany w soborze Przemienienia Pańskiego (Zbawiciela w Borze) w obrębie moskiewskiego Kremla.
Upamiętnienie i kult Kult Stefana rozpowszechnił się w Rosyjskim Kościele Prawosławnym w XVII w. Dniem jego wspomnienia była rocznica śmierci. Pierwsze nabożeństwo do świętego jest jednak znacznie starsze, zostało opracowane przez Pachomiusza Serba już w 1472. Według tradycji relikwie Stefana z Permu były wystawione na widok publiczny aż do zajęcia przez Polaków Moskwy, wtedy zostały zakryte. Obok raki z relikwiami eksponowany był żezł biskupi duchownego. Gdy Polacy zajęli Kreml, polski hetman Jan Karol Chodkiewicz wysłał żezł do monasteru w Supraślu.