Wojna sześciodniowa i upadek W 1967 Amir przyczynił się (choć jest kwestią kontrowersyjną, w jakim stopniu) do przekonania prezydenta Nasera, że siły egipskie są przygotowane do wojny z Izraelem. Wobec szeregu porażek politycznych i prestiżowych Egiptu w poprzednich latach (brak sukcesów w wojnie jemeńskiej, rozpad unii z Syrią, stagnacja ekonomiczna) Naser uznał, iż sukces w walce z Izraelem mógłby poprawić pozycję kraju w świecie arabskim. Wojna zakończyła się jednak całkowitą klęską Egiptu i jego sojuszników.
Amir nawet po klęskach podległych sobie sił przekonywał, że Egipcjanie w istocie odnosili na froncie sukcesy, nie mógł jednak długo ukrywać prawdy. 8 czerwca podał się do dymisji ze wszystkich piastowanych stanowisk razem z prezydentem Naserem. Prezydent cieszył się autentyczną popularnością w społeczeństwie, Amir zaś stracił ją przez swój wystawny tryb życia i liczne skandale obyczajowe. W rezultacie 10 czerwca Zgromadzenie Narodowe zaapelowało do Nasera o wycofanie swojej dymisji. Naser pozostał u władzy i obarczył głównodowodzącego armią całą winą za przegraną wojnę. Oskarżył go o organizowanie zamachu stanu i doprowadził do jego aresztowania razem z 50 bliskimi współpracownikami, w tym ministrami spraw wewnętrznych i obrony.