miasto zajął polski królewicz Władysław Waza.
W XVII wieku nastąpił okres rozwoju gospodarczego. W l. 30. i 40. bojar Borys Morozow wybudował w Zwienigorodzie kilka hut. Po śmierci Morozowa w 1661 jego manufaktury potażowe częściowo przejął carat. W końcu lat 90. zwienigorodzkie huty przestały funkcjonować i wkrótce zostały zamknięte.
W 1650 podjęto decyzję o budowie kamiennych umocnień wokół miasta, a cztery lata później Zwienigorod został ogłoszony twierdzą. W 1654 r. liczył ok. 230 dusz (ówczesna Ruza była o połowę mniejsza, a Kaszyra o 70 osób liczniejsza).
Car Aleksy I obrał w 1660 r. monaster Sawwino-Storożewski na oficjalne miejsce modlitwy. W tym czasie większość populacji mieszkała w podkremlowskich posadach, natomiast wokół monasteru powstał zespół architektoniczny łączący elementy sakralne, obronne i cechy rezydencji władcy.
Według spis ludności z 1678 przeprowadzonego przez Fiodora III w Zwienigorodzie było 28 domów z 135 mieszkańcami.
W 1708 r. na mocy ukazu Piotra I powstała gubernia moskiewska. W 1712 została podzielona na kilka prowincji komendantami ziemskimi na czele. Jedną z nich była prowincja zwienigorodzka. W 1719 jednak prowincja zwienigorodzka została włączona do prowincji moskiewskiej jako dystrykt.