Pod koniec listopada 1941 roku wojska niemieckie zajęły Istrę i zbliżyły się do Zwienigorodu. Jednak 3–5 grudnia 1941 dywizje lewej flanki 16. armii wraz z dywizjami 5. armii odrzuciły siły niemieckie z zakola rzeki Moskwy na północny wschód od Zwienigorodu.
XXI wiek thumb|Siedziba lokalnej administracji W 2003 r. w obręb Zwienigorodu weszło kilka jednostek osadniczych: miasteczko Błagodat´, wieś Wwiedienskoje (część), wieś Diut´kowo, osiedle sanatorium „Zwienigorod”, osiedle stacji „Diut´kowo” (osada kolejowa) i wieś Szychowo.
W wyniku reformy samorządowej w 2005 roku Zwienigorod otrzymał status miasta niezależnego (городской округ). W 2010 r. granice miasta zostały skorygowane.
Przed 2010 Zwienigorod miał status jednostki osadniczej o znaczeniu historycznym (историческое поселение), ale na mocy rozporządzenia Nr 418/339 Ministerstwa Kultury Federacji Rosyjskiej z 29 lipca 2010 miejscowość została pozbawiona tego statusu.