W latach 1930. zaczął pracę w Departamencie Sprawiedliwości, a od 1936 r. był pracownikiem Departamentu Stanu specjalizującym się w sprawach Dalekiego Wschodu. W 1944 r. przydzielono go do zespołu, który miał zaprojektować system instytucji odpowiadających za powojenny ład międzynarodowy. Brał udział w konferencji jałtańskiej. Od 1946 r. kierował think tankiem .
Latem przesłuchiwany przed Komisją ds. Działalności Antyamerykańskiej Whittaker Chambers oskarżył Hissa o przynależność do partii komunistycznej. Hiss od początku wypierał się znajomości z Chambersem i związków z komunistami, zyskał też szerokie poparcie przyjaciół i znajomych, którzy nie wierzyli w jego współpracę z komunistami. W czasie przesłuchania 5 sierpnia 1948 r. wypadł bardzo dobrze, ponadto większość członków komisji nie chciała wierzyć w jego zdradę i w związku z tym nie naciskali na Hissa zbyt mocno, jedynie kongresmen Richard Nixon od początku nie wierzył wyjaśnieniom Hissa i doprowadził do konfrontacji z Chambersem, w trakcie której Chambers skompromitował Hissa spójnymi zeznaniami.