Podczas misji – 15 grudnia 1965 – w stronę Gemini 7 wyruszył kolejny statek załogowy – Gemini 6A pilotowany przez Waltera Schirrę i Thomasa Stafforda. Oba pojazdy na ponad 5 godzin zbliżyły się do siebie, przy czym minimalna odległość pomiędzy nimi wyniosła 30 cm. Gemini 6A powrócił na Ziemię, a Borman i Lovell kontynuowali swoją wyprawę aż do 18 grudnia. Wodowali na Oceanie Atlantyckim po blisko 14 dobowym locie. Ich rekord przetrwał do 1970. Pobili go Andrijan Nikołajew i Witalij Siewastjanow na statku Sojuz 9.
W styczniu 1966 Lovell został dublerem dowódcy misji Gemini 10.
Po tragicznej katastrofie lotniczej w lutym 1966, w której zginęli Elliott See i Charles Bassett – podstawowa załoga statku Gemini 9, ekipy astronautów do kolejnych lotów w ramach tego programu zostały pozamieniane. Lovell wraz z Edwinem Aldrinem zostali załogą rezerwową do lotu Gemini 9A. W marcu i czerwcu 1966 astronauta utrzymywał w Centrum Kontroli Lotów w Houston łączność radiową (tzw. Capcom) z załogami Gemini 8 i Gemini 9A.