piosenka również implikuje, że jego żona uważała go za obcegoOliver Trager. Keys to the Rain, s. 313..
Jonathan Cott w swoim studium Dylan (1984) uważa, że Isis jest wycofaną żoną, którą śmiertelny bohater musi zdobyć na nowo. Podróżując na wschód i północ do kraju pełnego lodowych piramid z człowiekiem myślącym tylko o wzbogaceniu się (który może być także innym aspektem bohatera lub jego „sobowtórem”) rezygnuje ze zdobycia drogocennych skarbów, aby zdobyć na powrót swą boską żonę.
Inną piosenką Dylana związaną z Egiptem jest „She Belongs to Me”, jego antymiłosna piosenka napisana w okresie, gdy zaczął spotykać się z Sarą. Niemiła bohaterka tego utworu nosi egipski pierścień. W „Isis” datą ślubu narratora i Isis jest dzień 5 maja, który jest dniem święta państwowego Meksyku. Ta data dodaje jeszcze jeden poziom komplikacji do tekstu piosenki, zwłaszcza jeśli się zauważy, że zarówno w Egipcie, jak i Meksyku znajdują się piramidy.
Gdy Derek Barker – wydawca dylanowskiego fanzinu Isis – zapytał Levy’ego, czy piosenka ta ma jakiś związek z Izydą, ten odparł zdecydowanie, że żadnego. Siedzieli przy fortepianie i tworzyli balladę w starym westernowym stylu, a piramidy były tylko substytutem wzgórz w WyomingTamże, s.