Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojskowego Virtuti Militari nr 3586 (1921) Krzyż Niepodległości (22 grudnia 1931) „za pracę w dziele odzyskania niepodległości”. Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (15 lutego 1956) „za zasługi położone w pracy nad organizacją i rozwojem Akademii Medycznej w Gdańsku”. Krzyż Walecznych (dwukrotnie) Złoty Krzyż Zasługi (dwukrotnie: 18 marca 1932 „za zasługi na polu wychowania fizycznego i przysposobienia wojskowego”., 13 lipca 1954 „za zasługi w pracy naukowej i dydaktycznej w dziedzinie medycyny”.) Warszawski Krzyż Powstańczy (pośmiertnie) Medal 10-lecia Polski Ludowej Odznaka honorowa „Zasłużonym Ziemi Gdańskiej” (1972) Odznaka pamiątkowa „Za Wilno” („Wilno Wielkanoc 1919”)
Upamiętnienie W 1995 wydano książkę Włodzimierz Mozołowski, 1895–1975 w 100-lecie urodzin. Od 1997 Polskie Towarzystwo Biochemiczne przyznaje Nagrodę im. Włodzimierza Mozołowskiego jako wyróżnienie młodych biochemików.
W obecnym Collegium Biomedicum w Gdańskim Uniwersytecie Medycznym utworzono salę im. prof. Włodzimierza Mozołowskiego.
W 1987 Gdański Oddział Polskiego Towarzystwa Biochemicznego i Gdańskie Towarzystwo Naukowe zapoczątkowały organizowanie w niej corocznego uroczystego wykładu imienia prof.