Za swoją służbę otrzymał awans do rangi brevet pułkownika.
Dalsza służba wojskowa Po zakończeniu wojny meksykańskiej Lee spędził trzy lata służąc w Fort Carroll w porcie w Baltimore. W 1852 sekretarz wojny Jefferson Davis mianował go na stanowisko superintendenta akademii w West Point. W marcu 1855 Lee został zastępcą dowódcy 2 Pułku Kawalerii w Teksasie. Służył pod płk. Albertem Sidneyem Johnstonem w Camp Cooper. Ich zadaniem było chronić osadników amerykańskich przed atakami Apaczów i Komanczów. mały|Robert E. Lee jako oficer na portrecie z 1838 mały|Dokument amnestyjny podpisany przez generała Lee z 1865 W październiku 1859 stłumił antyniewolnicze powstanie Johna BrownaRobert E. Lee’s demand for the surrender of John Brown and his party, October 18, 1859. Prezydent James Buchanan powierzył Lee dowództwo oddziałów milicji i żołnierzy piechoty morskiej, aby stłumili powstanie i aresztowali jego przywódców. Kiedy Lee przybył na miejsce, milicja otoczyła Browna i jego zakładników. Gdy Brown odmówił skapitulowania, Lee zaatakował. Brown i jego poplecznicy zostali schwytani po kilku minutach walki. W 1860 rozpoczął służbę w teksańskim Fort Mason.