Okres powojenny Po zakończeniu wojny domowej Lee napisał podanie z prośbą o amnestię do gen. Ulyssesa Granta i prezydenta Andrew Johnsona. 2 października 1865 podpisał przysięgę amnestii i został ułaskawiony, jednak nie przywrócono mu obywatelstwa. W tym samym roku objął posadę rektora Washington College (obecnie Uniwersytetu Waszyngtona i Lee) w Lexington. W lutym 1866 został wezwany do złożenia zeznań przed Połączonym Kongresowym Komitetem ds. Odbudowy w Waszyngtonie.
28 września 1870 doznał udaru. Zmarł dwa tygodnie później, na skutek zapalenia płuc. Jego zwłoki spoczywają w kaplicy jego imienia, na terenie uczelni, której był rektorem przed śmiercią.
W 1975 pośmiertnie Kongres Stanów Zjednoczonych przywrócił mu obywatelstwo.
Awanse Armia Stanów Zjednoczonych:
podporucznik – 1 lipca 1829 porucznik – 21 września 1836 kapitan – 7 sierpnia 1838 brevet majorBrevetowany za zasługi w bitwie pod Cerro Gordo. – 18 kwietnia 1847 brevet podpułkownikZa zasługi okazane w bitwach pod Contreras i Churubusco. – 20 sierpnia 1847 brevet pułkownikPo bitwie pod Chapultepec.