Pierwsza wzmianka o cerkwi pojawiła się w rejestrze poborowym z 1472 roku. Rejestr poborowy z 1531 roku notował w Wiszniowie cerkiew pustą "sinagoga deserta". W drugiej połowie XVII wieku wieś uległa zniszczeniu "od nieprzyjaciela Koronnego". Prawdopodobnie zniszczeniu uległa wówczas cerkiew, gdyż już w 1669 roku wybudowano nową cerkiew z fundacji króla Michała Korybuta Wiśniowieckiego. Okres unicki W 1732 roku cerkiew wizytował komisarz, wyznaczony przez biskupa chełmskiego, ks. Józef Ostaszewski wraz z ks. Mikołajem Sarabkiewiczem. Cerkiew była " w dobrym stanie i dobrze opatrzona”. Parochem cerkwi był wówczas ks.Teodor Wilkiewicz. Kolatorem cerkwi starosta bełski Mikołaj Koc.Archiwum Państwowe w Lublinie, Chełmski Konsystorz Greckokatolicki, Wizyty dekanatów, sygn. 35/95/0/5/103, k. 188, 189. https://szukajwarchiwach.pl/35/95/0/5/103/skan/full/xj1gvmQGXUmI02ztbjRnLg Według spisu z 1760 roku była to drewniana cerkiew parafialna pw. Ścięcia Głowy św. Jana Chrzciciela, należąca do dekanatu tyszowieckiego. W 1775 roku odbyła się kolejna wizytacja parafii, właścicielami Wiszniowa byli wówczas Michał Radecki i Franciszek Świeżawski, a parochem cerkwi był ks. Grzegorz Chraszczewski. Cerkiew była "w ścianach dobra w oknach dachach reparacji potrzebująca.