Według danych z 2011 w strukturach eparchii działało 130 parafii obsługiwanych przez 123 kapłanów. Eparchia prowadziła ponadto centrum pomocy uzależnionym od narkotyków „Poszukiwanie zaginionych” oraz dom starców przy cerkwi Trójcy Świętej w Tomsku, jak również seminarium duchowne. W monasterach podlegających administraturze przebywały 102 osoby. W grudniu 2013 z eparchii tomskiej wydzielono eparchię kołpaszewską. W nowych granicach eparchii – według danych z października 2014 – działało 88 parafii, zgrupowanych w 4 dekanatachInformacje na oficjalnej stronie eparchii (ros.).
Ordynariusze Agapit (Wozniesienski), 1834–1841 Atanazy (Sokołow), 1841–1853 Parteniusz (Popow), 1854–1860 Porfiry (Sokołowski), 1860–1864 Witalis (Wiertogradow), 1865–1866 Aleksy (Nowosiełow), 1867–1868 Platon (Trojepolski), 1868–1876 Piotr (Jekatierinowski), 1876–1883 Włodzimierz (Pietrow), 1883–1886 Izaak (Położenski), 1886–1891 Makary (Niewski), 1891–1912 Metody (Gierasimow), 1912–1914 Anatol (Kamienski), 1914–1919 Jakub (Piatnicki), 1920–1921 Andrzej (Uchtomski), 1921 Wiktor