Jego nazwiskiem nazwano także współczesne rośliny i zwierzęta: tojada Aconitum czekanovskyi, ostrołódkę Oxytropis czekanowskii- ILDIS LegumeWeb, Saxifraga czekanowskii, Myosotis czekanowskii, Papaver czekanowskii, hybrydę modrzewia Larix czekanowskii, rybę z grupy strzebli Phoxinus czekanowskii (synonim Rhynchocypris czekanowskii), pająka Dendryphantes czekanowskii, owada Hyperborea czekanowskii, skorupiaka Tropodiaptomus czekanowskii, Scoliocentra czekanowskii.
Filatelistyka Poczta Polska wyemitowała 3 września 1976 r. znaczek pocztowy upamiętniający podróżnika, o nominale 1,50 zł. Wydrukowano 10 665 000 sztuk, techniką rotograwiury, na papierze kredowanym. Autorem projektu znaczka był Tadeusz Michaluk. Znaczek pozostawał w obiegu do 31 grudnia 1994 roku.
Drugi znaczek Poczty Polskiej poświęcony osobie Czekanowskiego wyemitowany został 23 maja 2022 roku, o nominale 3,60 zł. Wydrukowano 120 000 sztuk, technika rotograwiury, na papierze fluorescencyjnym. Autorem projektu znaczka był Jarosław Ochendzan.
Numizmatyka W 2004 r. Narodowy Bank Polski wydał upamiętniającą Czekanowskiego srebrną monetę kolekcjonerską o nominale 10 złotych oraz towarzyszącą jej monetę okolicznościową ze stopu nordic gold o nominale 2 złotych.