Ultimate Fighting Championship Połączenie organizacji zakończyło się na początku 2011 roku. Wszyscy zawodnicy na kontrakcie WEC stali się zawodnikami UFC - również Johnson. Pierwszy jego pojedynek w UFC został zaplanowany na 5 stycznia, a został zestawiony z japońską gwiazdą MMA Norifumi Yamamoto. Johnson zdominował zapaśniczo Japończyka, który posiadał braki w tej płaszczyźnie walki i wygrał pewnie z nim na punkty.
Będąc po trzech zwycięskich pojedynkach matchmaker UFC Joe Silva zestawił go z Brazylijczykiem Renanem Barão, ale ostatecznie nie doszło do ich pojedynku i nowym rywalem Amerykanina został rodak Miguel Torres. Torres - były mistrz WEC w wadze koguciej, mający na koncie ponad 40 zawodowych walk w tym aż 39 zwycięskich oraz posiadający 15-centymetrową przewagę wzrostu nad Johnsonem był murowanym faworytem w tym pojedynku. „Mighty Mouse” wygrał pojedynek kolejny raz korzystają ze swoich rewelacyjnych zapasów, dominując byłego mistrza w każdej rundzie.
Dwa solidne zwycięstwa w UFC dały możliwość Johnsonowi stoczenia walki o pas mistrzowski w wadze koguciej, której mistrzem był Dominick Cruz. Do walki doszło 1 października na gali UFC Live. Johnson przegrał pojedynek jednogłośnie na punkty po 5-rundowym pojedynku, głównie z powodu dobrej pracy kickbokserskiej i obrony przed sprowadzeniami Cruza.