Kościół św. Jana Pawła II – kościół rzymskokatolicki znajdujący się w Krakowie, w dzielnicy IX Łagiewniki-Borek Fałęcki przy ul. Totus Tuus 32, w Łagiewnikach.
Jest jedną z budowli Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się” wykonaną według projektu architekta Andrzeja Mikulskiego. Obrzęd pobłogosławienia kościoła odbył się 23 czerwca 2013, a uroczyste poświęcenie świątyni nastąpiło 16 października 2016. Obu obrzędów dokonał metropolita krakowski kardynał Stanisław Dziwisz.
Kościół zbudowany jest na planie ośmiokąta i stylem nawiązuje do bizantyńskich kościołów Rawenny np. kościoła św. Witalisa. Projektował go Andrzej Mikulski. Ma dwa poziomy: kościół relikwii (kościół dolny) oraz kościół górny. Obok kościoła zbudowano wieżę widokową.
Kościół relikwii Ośmioboczna sala z ołtarzem w centrum. Wewnątrz marmurowego ołtarza umieszczono relikwię, zamkniętą w szklanej szkatule ampułkę z krwią papieża, pobraną podczas jednego z badań w klinice Gemelli. Obok znajduje się papieski krzyż pastoralny Jana Pawła II. Sala otoczona jest wieńcem kaplic służących modlitwie i oratoriów poświęconych sanktuariom maryjnym.