Estonia jest jednym z najmniej religijnych krajów Europy, 58% populacji nie czuje związku z żadną religią (2021). Wyznania z największą liczbą wiernych to prawosławie i protestantyzm (luteranizm) (odpowiednio 16% i 8%). Według sondażu Eurobarometr Poll 2010, 18% obywateli Estonii odpowiedziało, że „wierzą w istnienie Boga”, natomiast 50% „uważa, że istnieje pewnego rodzaju duch lub siła życiowa”, a 29% „nie wierzy w istnienie jakiekolwiek ducha, Boga lub siły życiowej”.
Największą religią Estonii jest chrześcijaństwo (26,8%), a obok niego islam (0,5%) i neopoganizm estoński (0,5%)
Estonia historycznie była krajem głównie luterańskim, ale pomiędzy rokiem 2000 a 2011 największą denominacją chrześcijańską stało się prawosławie. Jest to spowodowane tym, że rodowici Estończycy, który stanowią większość luteran szybciej się laicyzują, niż Rosjanie, którzy przeważnie wyznają prawosławie. Między rokiem 2000 a 2011 liczba Estończyków deklarujących się jako luteranie spadała z 146 tys. do 100 tysięcy, tymczasem liczba Rosjan deklarujących się jako prawosławni wzrosła z 100 tys.