Po rozpadzie Jugosławii od sezonu 1994/95 klub rywalizował w chorwackiej pierwszej lidze Herceg-Bosna (najpierw w grupie Srednja Bosna, a od 1996/97 w jedynej lidze). Po połączeniu ligi chorwackiej oraz bośniackiej (Prva nogometna liga Federacije Bosne i Hercegovine) została utworzona Premijer liga w sezonie 2000/01. Klub został zakwalifikowany do pierwszej ligi Federacji Bośni i Hercegowiny. W sezonie 2002/03 zespół zajął 11. miejsce i spadł do drugiej ligi FBiH. W następnym sezonie zdobył mistrzostwo w grupie center 1B i w barażach zdobył awans do pierwszej ligi. W sezonie 2005/06 zajął 12. miejsce i ponownie spadł do drugiej ligi FBiH. Tym razem potrzebował dwa lata aby powrócić w 2008 do pierwszej ligi, ale po dwóch sezonach ponownie spadł do drugiej ligi. W 2011 aby wejść do pierwszej ligi musiał zagrać play-off z NK Podgrmeč Sanski Most, pierwszy mecz Vitez wygrał 5:1, a w rewanżu zremisował 2:2, co pozwoliło powrócić do pierwszej ligi Federacji Bośni i Hercegowiny. W sezonie 2012/13 zdobył tytuł mistrza Pierwszej Ligi Federacji Bośni i Hercegowiny i awansował do Premijer ligi.