Kolejne straty budynek klasztornego soboru (nadal czynnego) poniósł w czasie okupacji niemieckiej podczas II wojny światowej. W 1945 świątynię tę odebrano parafii i przekazano muzeum, które już wcześniej otrzymało we władanie dawną siedzibę biskupią. W 1958 sobór został częściowo odremontowany, do prac tych wrócono następnie w 1967. W tym samym roku władze zmusiły biskupa charkowskiego Leoncjusza do opuszczenia zajmowanych jeszcze przez eparchię pomieszczeń w monasterze.
Rosyjski Kościół Prawosławny odzyskał monaster dzięki staraniom biskupa charkowskiego Nikodema w 1990. Jego pierwszym przełożonym został archimandryta Witalis (Żukow). W maju 1992 w monasterze odbywał się sobór charkowski, który zdecydował o usunięciu metropolity Filareta z katedry kijowskiej w związku z nieposłuszeństwem wobec patriarchy moskiewskiego i całej Rusi i Soboru Lokalnego Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego i który mianował nowym metropolitą kijowskim dotychczasowego metropolitę rostowskiego Włodzimierza. W latach 2000–2003 namiestnikiem klasztoru był