Jednostki Flotylli formalnie były niewojennymi statkami państwowymi i w czasie służby nosiły banderę Polskiej Marynarki Handlowej, a na maszcie flagę z godłem Ministerstwa Skarbu w postaci żółtego symbolu laski Merkurego na białym tle. W nocy oznakowane były na służbie dwoma fioletowymi światłami na maszcie, ustawionymi pionowo nad sobą w odległości 1 metra.
Załogi motorówek składały się z trzech funkcjonariuszy Straży Granicznej: komendanta, sternika i motorzysty-mechanika (mimo że kabiny zaprojektowane były na cztery osoby).
Pierwszymi komendantami byli: na „Kaszubie” Ignacy Lipiecki, na „Mazurze” Jan Majewski a na „Ślązaku” Franciszek Lisiecki.
Motorówki stacjonowały, wraz z resztą Flotylli, w porcie rybackim Hel i pełniły przede wszystkim służbę patrolową na wodach Zatoki Gdańskiej, ze szczególnym uwzględnieniem red portów Gdyni i Gdańska. Ocenia się, że działania Flotylli SG, w tym motorówek, nie doprowadziły do likwidacji przemytu drogą morską, ale jednak ograniczyły jego rozmiar.
Braki środków finansowych negatywnie odbijały się na sprawności technicznej motorówek, w których nie wymieniano zużytych silników, co powodowało ich przestoje. Dopiero w 1937 wzrost przemytu dewiz wymusił przywrócenie motorówkom pełnej sprawności.