Przez kolejnych 9 lat COM funkcjonowało w strukturach złożonych z dowództwa, dwóch pionów funkcyjnych (planowania operacji i działań bieżących) oraz sztabu. Z dniem 1 lipca 2013 roku rozbudowano struktury tworząc trzeci pion – rozpoznawczy. Wtedy też zmieniła się nazwa jednostki, poprzez rozszerzenie jej o nowy człon tj. „Dowództwo Komponentu Morskiego”, precyzujący charakter wykonywanych zadań. 1 stycznia 2014 roku weszła w życie reforma systemu dowodzenia i kierowania Siłami Zbrojnymi RP, w wyniku której ponownie przeformowano COM-DKM. Zmieniła się też podległość jednostki. Od 1 stycznia 2014 roku COM-DKM podlega bezpośrednio Dowódcy Operacyjnemu Rodzajów Sił Zbrojnych (DO RSZ). Od sierpnia 2010 do kwietnia 2018 jednostką dowodził wiceadmirał Stanisław Zarychta. W dniu 22 maja 2018 roku, od czasowo pełniącego obowiązki komandora Mariusza Kościelskiego obowiązki Dowódcy COM-DKM objął, dotychczasowy dowódca 3 Flotylli Okrętów kontradmirał Krzysztof Jaworski. Od dnia 5 czerwca 2026 obowiązki Dowódcy COM-DKM pełni wiceadmirał Piotr Nieć.