W odróżnieniu od młodszego brata nie był w stanie kontrolować działalności Narodowej Rady Obrony ani ambitnych generałów, w rezultacie sparaliżowana została także działalność rządu, zarzucone wypracowywanie trwałego porozumienia z Kurdami i reforma budżetowa. Jako najważniejszych współpracowników Arif początkowo wybierał cywilów, nie chcąc uczestniczyć w rozgrywkach personalnych wśród oficerów. W elicie władzy znaleźli się nacjonaliści arabscy, opowiadający się jednak za niezależnością Iraku i niewchodzeniem w unie ani inne bliskie związki z innymi państwami. Już w czerwcu 1966 wojskowi usiłowali obalić rządy Arifa, niezadowoleni z odsunięcia od najbliższego otoczenia prezydenta. Ulegając ich naciskowi, prezydent zdymisjonował al-Bazzaza i zastąpił go oficerem Nadżim Talibem.
W maju 1967 Arif osobiście objął urząd premiera. Już w roku następnym klęska państw arabskich w wojnie sześciodniowej jeszcze osłabiła popularność rządu. Jesienią 1967 zdecydowanie poprawiły się relacje Iraku z państwami Europy Zachodniej.